Das Spiel beginnt mit einer fabulösen Musikparade, die von Moogles abgehalten wird, anlässlich der Hochzeit zwischen der 19-jährigen Prinzessin von Dalmaska, Ashe, und einem unbekannten, silberhaarigem jungen Mann. Anschließend findet man sich in den Korridoren eines Schlosses wieder und übernimmt die Steuerung von Basch sowie einem Wächter namens Reks, welche zusammen versuchen, die einfallenden Truppen von Archadia zurückzuschlagen, um den König (und möglicherweise auch Ashe) zu schützen. Der Spieler wird dabei mit den grundlegenden Elementen des Kampfsystems und der Steuerung von 'Final Fantasy XII' vertraut gemacht.
Schließlich trennen sich die beiden vor dem Thronsaal und man spielt alleine mit Reks weiter. Währenddessen wird der dalmaskanische König von Basch ermordet, da er sein Land zum eigenen Schutze an die feindlichen Mächte ausliefern wollte, was Basch nicht zulassen konnte, wenngleich Dalmaska später dennoch von Archadia eingenommen wird. Als Reks eintrifft, wird auch er von Basch erstochen und spricht mit letzter Kraft den Namen seines Bruders aus: Vaan.
Nach dieser Szene macht das Spiel einen Sprung von zwei Jahren und zeigt Vaan, wie er sich in den Palast von Dalmaskia schleicht und dort von den Wiederstandsplänen Dalmaskas erfährt. Dabei trifft er auf Balthier und Fran, zwei weitere Protagonisten des Spiels, sowie auf die tot geglaubte Prinzessin Ashe, bevor er mit Balthier im Kerker landet.
Balthier ist ein Luftpirat und somit großes Vorbild für Vaan, welcher sich nichts sehnlicher wünscht, als eines Tages genau wie sein Mithäftling die Lüfte unsicher machen zu können. Seine Freundin Penelo ist mit diesem Vorhaben jedoch überhaupt nicht zufrieden, was nicht selten zu Streitigkeiten zwischen den beiden führt. Sie hielt es auch nur für eine Frage der Zeit, bis Vaan von irgend jemandem gefasst und eingesperrt wird.

Unterdessen stellt Ashe eine Gruppe von Widerstandskämpfern auf die Beine, mit der sie den Einfall des Imperiums bekämpfen will. Schon seit langer Zeit befinden sich die Königreiche von Arcadia und Dalmaska im Kriegszustand, was nicht nur technologische Hintergründe hat. Im Verlauf der Story trifft sie auf Vaan, zu dem sie sich sehr schnell hingezogen fühlt, wenngleich sie unzweifelhaft zu den emotional gefestigsten Heldinnen der FF-Reihe gehört und ihre Gefühle eigentlich bestens im Griff hat. Überhaupt sollte sie eigentlich die Thronfolge ihres ermordeten Vaters übernehmen, stattdessen leitet sie aber alles in die Wege, um die Besetzung ihres Landes zu stoppen.

Das Setting von 'Final Fantasy XII' ist allgemein Krieg. Es kommt zu Massenschlachten, sowohl zu Boden als auch in der Luft, und auch einzelne Mann-Gegen-Mann Schwertkämpfe tragen zum Geschehen bei. Character Designer Akihiko Yoshida hat sich bei der Gestaltung der Charaktere sehr an Europäern orientiert, Ashe's Körperbau und Gesichtszüge basieren z.B. auf denen einer Französin.
Zudem hat man durch die Einführung verschiedener Rassen wie Bangaas, Vieras, Menschen, Orks und Moogles eine weitere Verbindung zu 'FF Tactics (Advance)' geschaffen, nachdem man ja bereits Ivalice als Schauplatz übernommen hat.
Jedoch wird man nicht mehr ohne weiteres mit jeder Person sprechen können, die einem über den Weg läuft, da es verschiedene Sprachen auf Ivalice gibt, die sich von Rasse zu Rasse unterscheiden. Sogenannte "Talk Icons" geben an, ob es der Gruppe möglich ist, sich mit einer bestimmten Person zu unterhalten.

Ivalice selbst, also die Welt von 'FF12', besticht in seiner Gestaltung durch viele verschiedene Blau- und Orange-Töne, die das Mittelmeer-ähnliche Setting des Spiels zur Geltung bringen sollen. Art Director Hideo Minaba und Background Art Director Isamu Kamikokuryou haben sich bei der Mitarbeit an 'Final Fantasy XII' von vielen verschiedenen Kulturen inspirieren lassen. Die größten Einflüsse kamen aus der Türkei, Indien, New York und dem Mittelmeerraum, was nicht nur unter dem Design der Städte für große Variation sorgt.
Zeitlich gesehen soll das Design von Ivalice in etwa mit dem 16. bis 18. Jahrhundert von Europa zu vergleichen sein, was durch die Kombination mit den überaus futuristisch gestalteten Ortschaften einen wunderbaren Kontrast bildet.
Desweiteren wird der Spieler auf tropische Gebiete und Wüsten verschiedenster Art stoßen, die sich vom Klima sehr unterscheiden und somit für zahlreiche Variationen unter den Outfits der Einwohner sorgen. Dalmaska z.B. verfügt über ein durchgängig sehr warmes Klima, was z.B. an der leichten Bekleidung von Vaan zu erkennen ist.
Die Entwickler von 'Final Fantasy XII' wollen ein ausgewogenes Verhältnis zwischen Größe und Detailreichtum schaffen, sodass kein Ort optisch unter seiner Großräumigkeit zu leiden hat, wenngleich man 'Final Fantasy XI' in Sachen Größe nach wie vor den Vorzug lässt.

Um mehr Platz für die Texturen der Charaktere zu haben, wurden deren Polygone etwa um die Hälfte ihrer Anzahl (verglichen zu 'Final Fantasy X') reduziert. So können nun auch deutlich mehr Figuren dargestellt werden als sonst, was bei den riesigen Städten von 'Final Fantasy XII' auch von großer Wichtigkeit ist.
Die Spielfigur wird standardmäßig aus der Rückansicht gezeigt, wenn sie durch die verschiedenen Gebiete des Spiels läuft. Im Schlepptau hat sie zudem immer ihre zwei Begleiter, die ihr auf Schritt und Tritt folgen. Eine besondere Innovation ist jedoch das neue Kamerasystem, welches Drehungen um bis zu 360° in alle Richtungen erlaubt.
Des Weiteren hat man den Schattenwurf der Charaktere noch realistischer gemacht, sodass nun nicht mehr nur ein schlichter Kreis unter dem Charakter-Model zu sehen ist.

Natürlich hält man auch in 'Final Fantasy XII' an alte Traditionen und Maskottchen wie Chocobos, Luftschiffe, Moogles, FMV-Sequenzen und Kristalle fest. Auch altbekannte Namen und Monster wie Ragnarok, Omega, Kaktor, Tombery, Morbol, Cockatrice, Mandragora oder Chimera sind berücksichtigt worden.
Wer sich mit der FF-Reihe auskennt, wird bei den Namen einiger Luftschiffe sogar schmunzeln können.
Ob auch Summons im Spiel vorkommen, ist zwar nicht sicher, aber wahrscheinlich. So gibt es zum Beispiel mehrere Hinweise auf die Existenz von Ifrit, Ramuh und Bahamut.

Das Spielmenü von 'Final Fantasy XII' verfügt neben altbekannten Punkten wie Switch, Status, Equipment, Handbook (Tutorial) und Config auch über neuartige Befehle wie Map (Karte), Battle Log (Kampfprotokoll) und Quests. Zudem kann man direkt zum Titel-Bildschirm wiederkehren bzw. einen alten Spielstand laden, ohne erst ein "Game Over" erzwingen oder das Spiel mittels Soft-Reset neustarten zu müssen.

Musikalisch soll es neben einem rundrum optimistisch gestalteten Soundtrack auch wieder ein Lied mit Gesang geben, welches für den Spielverlauf sehr wichtig sein wird. Jedoch soll nur letzteres von Altmeister Nobuo Uematsu höchstpersönlich stammen, während sich für die restliche musikalische Untermalung Hitoshi Hakimoto verantwortlich zeichnet.

Die größte Neuerung am Spiel ist aber ohne Zweifel das ADB-Kampfsystem, wobei das Kürzel ADB für "Active Dimension Battle" steht. Wer 'Vagrant Story' oder 'Final Fantasy XI' kennt, wird mit dem Begriff wesentlich mehr anfangen können als z.B. ein Neueinsteiger.
Zunächst einmal gibt es keinen Extra-Kampfbildschirm mehr, in den das Gefecht hinüberwechselt. Stattdessen findet beim Erkunden eines Gebietes ein Nahtloser Übergang zum Kampf-Modus statt, sodass die Monster direkt vor Ort bekämpft werden. Es gibt auch keine Kampfreihen mehr, aus denen die Charaktere abwechselnd hervortreten und ihre Waffen abfeuern. Das ADB-System erlaubt eine vollkommen freie Bewegung durch die Areale, in Echtzeit. Dabei wird auch nur der Frontmann eurer Gruppe gesteuert, welcher seinen Mitstreitern über sogenannte "Gambits" Befehle erteilen kann und auch jederzeit austauschbar ist. Laut Matsuno wird es ingesamt 10 verschiedene Gambit-Typen geben, die genau wie Items behandelt werden und somit entweder von Monstern hinterlassen werden oder in Geschäften käuflich zu erwerben sind. Pro Charakter kann jedoch nicht mehr als 1 Gambit ausgerüstet werden.

Während ihr euch in einem Areal bewegt, ist oben links eine Navigationskarte eingeblendet, die den meisten bereits aus 'FFX' und 'FFX-2' bekannt sein dürfte. Darauf werden auch Monster angezeigt, die ihr ganz genau im Auge behalten müsst, um nicht überrascht zu werden. Die künstliche Intelligenz eurer Gegner ist nämlich erstaunlich hoch, sodass es keine Seltenheit ist, wenn ein Monster Hinterhälte plant, seine Kameraden unterstützt, sich zurückzieht, Hindernisse überwindet oder sogar auf Blicke, Geräusche sowie Gerüche reagiert!
Solltet ihr von einem Monster verfolgt werden, könnt ihr es nur abschütteln, indem ihr das Gebiet verlasst und unterwegs jede weitere Zwischenbegegnung meidet. Insgesamt wird 'Final Fantasy XII' über 100 verschiedene Monsterarten enthalten, die zudem noch in verschiedenen Varianten auftreten können.

Geld, Items und Erfahrungspunkte werden während des Gefechts gewonnen, sodass es keinen Victory-Bildschirm mehr gibt, ja nicht einmal mehr eine Fanfare. Eure Status-Werte werden zudem permanent angezeigt, selbst beim bloßen Erkunden eines Gebietes. Es ist nicht unwahrscheinlich, dass die maximalen Werte für HP und MP wieder bei 9.999 und 999 liegen werden.

Natürlich verfügt das Kampfsystem von 'Final Fantasy XII' wieder über altbekannte Elemente wie verschiedene Waffen- und Zauberklassen, die für jeden Charakter unterschiedlich stark trainiert werden können, je nach dem, wie häufig man z.B. einen Heilzauber anwendet oder mit einer Lanze kämpft. Auf diese Weise bleibt die Gestaltung der Kampfeigenschaften ganz dem Spieler überlassen.
Auf Wunsch von Matsuno, welcher ein sehr großer Fan von 'FF11' ist, wird das jeweilige Equipment der Charaktere sogar am Körper zu sehen sein.
Ansonsten verfügt jedes Gruppenmitglied über altbekannte Befehle wie Angriff, Magie, Fähigkeit/Technik (Stehlen, Analysieren) und Item.

Eine weitere Neuerung ist die sogenannte Target Line zwischen Spieler und Monster, welche u.a. Auskunft darüber gibt, wie lange eine Aktion noch auf sich warten lässt. Anhand ihrer Farbe kann man auch erkennen, ob es sich um eine feindseelige oder eine friedliche Aktion handelt. Wer dieses Feature nicht haben möchte, kann es im Config-Menü deaktivieren.